上一部结尾，尼奥（基奴李维斯饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。
　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

　　第二集中，尼奥（基努·里维斯KeanuReeves饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩LaurenceFishburne饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯Carrie-AnneMoss饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下，找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。
　　此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。
　　在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。

　　十年前，沈氏全族一夜被屠，仅剩年幼的沈松幸存。沈松为了翻案复仇日夜苦读，终于殿试夺魁。他希望皇帝为沈家彻查旧案，然而皇帝反将他黜落民间。见识到最高权力背后的黑暗，沈松对朝廷和官府彻底失望，成为了一个民间厨子。庖厨沈松安于现状，似乎已经放下了仇恨。直到太后千秋节花门楼失火，挖出几十具白骨，府尹囿于官道不作为，沈松怒揭圣旨，成为皇帝的民间行走。
　　随着调查深入，一桩桩奇案接踵而来，沈松结识了李琴儿、公孙离、展猫儿等人，结下了深厚的情谊。沈氏灭族的真相也渐渐浮出水面，但强劲的敌人却在暗处虎视眈眈。一场交织着阴谋、背叛和家国秘密的爱恨情仇纠缠在一起。在他们的努力下，终于拨云见日，迎来光明的未来。

　　美国气候学家杰克（丹尼斯•奎德DennisQuaid饰）认为，温室效应正在引发地球的大灾难，北极冰川的融化，会让地球回到冰河世纪那样的劫难。他的提醒并没有引起美国当局的重视，一切都已经太晚：飓风、冰雹、洪水、冰山融化、极度严寒，一系列的地球巨变引发了一场不可挽救的灾难。美国政府组织北纬30度的民众转移到赤道周围，场面一片混乱。更糟糕的是，杰克的儿子，正困在曼哈顿的图书馆里，靠烧书生火来维持体温。大家怎样才能逃过这场灭顶的灾祸？冰天雪地的地球何时才能回暖？

　　弗兰克·拉札雷夫（吉约姆·卡内GuillaumeCanet饰）差点遭人谋杀，捡回一命后，开始搜寻被神秘武装组织绑架的妻子里欧。他曾是法国国家宪兵特勤队的一员，如今往事再度找上门来，他也卷入事关国家高层的风暴，情势完全超乎掌控。

　　安迪·古德里奇（迈克尔·基顿MichaelKeaton饰）的第二任妻子进入了戒毒所，留下他和他们年幼的孩子们，他的生活变得分崩离析。古德里奇不得不求助于他的大女儿格蕾丝（米拉·库尼斯MilaKunis饰），而格蕾斯正努力帮助安迪成为一个崭新的父亲。

　　故事讲述两个孤独的人在赫尔辛基的夜晚偶然相遇，并试图找到彼此生命中的第一个，唯一且最终的爱。他们通往这个目标的道路被男人的酗酒、丢失的电话号码、不知道彼此名字或地址，以及生活总倾向于在那些寻求幸福的人的道路上设置障碍所笼罩。