虽然特雷弗（布兰登·费舍BrendanFraser饰）是大学的地质教授，但是却经常做出挑战传统的事情。他认为，凡尔纳的小说并不是科幻，而是真是存在的。就是因为这样的对立理论，使其被传为学院里的笑话，使得他的学术名声毁于一旦。不过特雷弗却毫不在意这些，他坚信自己的理论是正确的。为了验证自己的理论，特雷弗带着侄子肖恩（乔什·哈切森JoshHutcherson饰）和当地的向导汉娜（安妮塔·布瑞姆AnitaBriem饰）开始了在冰岛的旅行。在旅行时，三人意外发现一个奇特的洞穴，并在探询时踏破薄冰跌入了无底深渊。不过，当他们醒来时，却发现了一个神秘的地心世界，里面有着各种稀奇古怪的生物，与凡尔纳小说里面描述的场景一模一样。证据终于找到了，但是如何将证据带回地上？特雷弗三人开始了寻找出路之旅……

　　第一集中，变异人在X教授的指挥下，将邪恶的万磁王打入冷宫，但是依然得不到社会的承认。在一次政治要人遭到暗杀后，所有的矛头又一次指向变异人。这一次，X教授也感到压力大增，以致于跟美国总统都要就此事进行磋商。一个拥有很高声誉的前将军，率领着反对变异人的联盟连续对x教授施压。万磁王在这种情况下，不得不寻找与X教授联手抵抗前将军的方式。金钢狼的身世也将在本集中进一步揭开。

　　在2034年，杨俊康教授发明了T芯片，植入T芯片的人类，不再产生疾病，医疗芯片集团普世公司垄断了T芯片专利技术后，将芯片移植技术推广到了普罗大众，使人类开始依赖T芯片。十年过后，一只神秘的雇佣兵组织袭击了普世集团总部，并极其残酷的杀死了总部除了杨俊康孙女杨小青之外的大多数人，并将一种从未见过的芯片病毒植入到了中心控制台中。一瞬间所有已经移植过T芯片的新型人类全部瘫痪，生命岌岌可危。

　　刘土地有两儿一女，老伴去世后，他含辛茹苦把儿女们拉扯长大，眼看着小儿子刘大海就要娶媳妇了，却因同村姑娘梁三朵“怀了孕”而终止了婚约。在刘土地的主持下，三朵嫁给了大海。婚后三朵才得知自己并非怀孕，而是得了一种恶性病。为了给三朵治病，刘家倾其所有，背负外债为三朵凑齐手术费。三朵出院后，怀着对刘家的感激之情和救命之恩努力生活，要用自己的双手还清外债。她在村里开了一间小酒坊，创业过程中历经磨难、困难重重，面对妯娌的从中作梗和对她有成见的小姑子的蓄意捣乱，原本生活艰辛的三朵又增添了磨难、坎坷和挑战。最终，坚韧不屈的三朵还是把这一切都一一化解了，用自己的善良和一颗感恩的心感动着身边的所有人。

　　约翰的父亲弗兰克(丹尼斯•奎德DennisQuaid饰)死于30年前一次救火行动中。一次，翻看父亲的遗物时，约翰(詹姆斯•卡维泽JamesCaviezel饰)发现了30年前父亲使用过的一台老式无线电。在随手翻拨频段的时候，他竟然和一名年轻叫弗兰克的男子搭上了线。经过整夜长谈，约翰确定时空发生了错乱，这个弗兰克正是自己30年前的父亲。
　　约翰兴奋异常，顺利帮助父亲躲过了30年前的那场灾难。当他一觉醒来，惊讶地发现了相框中白发苍苍的父亲，他知道自己成功了。然而让人意想不到的是，历史一切都改写。约翰的拯救了父亲，而他的母亲却死于了多年前的一起连环杀人案。当约翰通过无线电再次联系30年前的父亲，意图让父亲阻止母亲被杀时，父亲却又意外成了嫌疑犯！

　　上一部结尾，尼奥（基奴李维斯饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。
　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

　　将女儿们送往冬令营，乔许与艾玛这对老夫老妻，终于获得睽违已久的一周假期。偷得浮生七日闲，原想重燃爱火大搞一场，结果发现性致不如以往。面对中年婚姻危机，两人决定积极处理：邀请同事三人行却不太行、去俱乐部找刺激却找到亲戚、嗑药助兴却力不从心提早泄气，还有骚包下属和暗恋老友在一旁搅局，眼看女儿们返家在即，他们到底能不能重拾性趣？