进入了明治时代，曾经的“刽子手拔刀斋”绯村剑心（佐藤健饰）已经习惯了神谷道场的安宁生活。谁知就在这一天，倒幕战争时的旧友——号称维新三杰之一的大久保利通（宫泽和史饰）将其请去。原来继承了剑心刽子手身份的志志雄真实（藤原龙也饰）当年被新政府背叛，侥幸活下来的志志雄正秘密筹措称霸日本的可怕计划。大久保死后，深感背负不可推卸责任的剑心只身上路，在途中不仅偶遇京都女忍卷町操（土屋太凤饰），还在新月村和志志雄有了第一次的遭遇。与此同时，相乐左之助（青木崇高饰）、神谷薫（武井咲饰）、明神弥彦（大八木凯斗饰）、斋藤一（江口洋介饰）也相继赶往京都。阴云密布的时代，酝酿着一场席卷全国的风暴……
　　本片根据和月伸宏的经典漫画原作改编。

　　隶属于关东头号黑帮组织山王会的池元组头目（国村隼饰）曾在监狱与小组织村濑组头目（石桥莲司饰）结为兄弟。山王会野心勃勃，时刻觊觎村濑的地盘和毒品生意。在山王会若头加藤（三浦友和饰）的授意下，池元命令麾下的大友组向村濑组发起挑战。大友（北野武饰）的猛烈攻击和山王会老大（北村总一郎饰）的毒辣计谋令村濑节节败退，被迫退休，组内的生意也易作他主。
　　大友组人才辈出，若头水野（椎名桔平饰）和干部石原（加濑亮饰）亲自主持在某非洲国家使馆开辟赌场，一时间财源滚滚。然而风云变幻，在早已抛弃了传统仁义道德的黑帮社会，各种阴谋纷纷浮现，大友组风雨飘摇……