1991年，香港黑帮三合会会员刘健明（刘德华）听从老大韩琛（曾志伟）的吩咐，加入警察部队成为黑帮卧底，韩琛许诺刘健明会帮其在七年后晋升为见习督察。1992年，警察训练学校优秀学员陈永仁（梁朝伟）被上级要求深入到三合会做卧底，终极目标是成为韩琛身边的红人。2002年，两人都不负重望，也都身背重压，刘健明渐想成为一个真正的好人，陈永仁则盼着尽快回归警察身份。
　　重案组从陈永仁手中获悉一批毒品交易情报，锁紧目标人物韩琛，没料情报被刘健明泄出，双方行动均告失败。但此事将双方均有卧底的事实暴露，引发双方高层清除内鬼的决心。命运迥异又相似的刘健明和陈永仁开始在无间道的旅程中接受严峻考验。

　　1991年，香港黑帮龙头倪坤被杀，倪氏家族旗下五大头目中除韩琛（曾志伟）外，均伺机背叛发难，不料却被倪家不起眼的第二代倪永孝（吴镇宇）不费一兵一卒牵制，此举引来重案祖督察黄志诚（黄秋生）的戒心，使其派出警校学生陈永仁（余文乐）渗入倪家进行长期的卧底工作，而韩琛为了巩固势力，早在警察内部安插了线人刘建明（陈冠希）。三年后，事业蒸蒸日上的倪永孝为安枕无忧，决意将五大头目一举歼灭，却因疏忽让韩琛成为漏网之鱼。
　　1997年，大难不死的韩琛重出江湖，为替死去的同事报仇，黄志诚找到他商议合作除掉倪永孝的事宜，不久却发现此举铸成大错，而各自为自己的尴尬身份苦恼的陈永仁和刘建明，则在无间道的路上越行越远。

为弘扬民族正气，精武英雄陈真（甄子丹 饰）当年在上海虹口道场击杀日本武术高手。在此之后他更名改姓，背井离乡，远赴法国务工。一战后陈真化名齐天元，重返阔别已久的祖国，并以实业家的身份结识了上海大亨刘禹天（黄秋生 饰）及性感妖艳的夜总会女郎KIKI（舒淇 饰）。刘张扬跋扈，大发战争财，但尚存中国人的骨气；KIKI表面单纯，实则是日本女间谍，长期潜伏夜总会搜集情报。一战虽然结束，但战争的阴影远远没有散去。陈真加入秘密的抗日组织，并希望争取到刘禹天的支持。与此同时，以皇军大佐力石猛（木幡龙 饰）为首的暗杀军团开始向爱国志士痛下杀手。 鱼龙混杂、暗流涌动的上海滩，已是黑云压城，暴雨将至……

　　刘建明（刘德华）在陈永仁（梁朝伟）被杀10个月后接受警队内部调查，被架空职权，加上家庭的变故，他的精神状态每况愈下，但他坚信局面很快就会扭转。年轻警司杨锦荣（黎明）在同事看来是怪人一个，他正凭着过人的业绩迈向警队最高层。为了搞清楚杨锦荣的真实身份，刘建明开始对其调查。
　　刘建明渐渐发现韩琛旧日的生意拍档沈澄（陈道明）与杨锦荣有着千丝万缕的关系，为了置杨锦荣于死地，也为了不让自己的身份曝光，渴望做个好人已久的刘建明开始千辛万苦地找寻一个又一个证据，可是他总在最接近真相时功亏一篑。

　　政府研发了一项秘密武器——拳神手套，它能够激活人类大脑中那未被使用的百分之九十部分，从而使使用者爆发超人的能量，十分危险，警察战廿一（张耀扬 饰）成为了手套的首批试用者中的一份子，然而，他的内心不满自己沦为政府操纵的木偶，于是偷走了手套，并且销毁了和手套相关的一切资料。
　　阿风（元彪 饰）和Dark（郑伊健 饰）企图阻止战廿一的阴谋，最终，阿风和战廿一以及拳神手套均失去了踪迹。一晃眼数年过去，战廿一重出江湖，被洗脑的阿风则成为了他的帮手助纣为虐，战廿一企图利用拳神手套的威力统治世界，却遭到了阿虎（王力宏 饰）和铁男（冯德伦 饰）等人的阻挠，两帮人就此结下梁子。