柯南、灰原及少年侦探队成员步美、光彦、元太随博士这日露营完毕，绕道参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼，毛利小五郎恰也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀，携小兰、园子参加开幕典礼。美绪介绍下，他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦（森谷帝二的弟子，第一弹《引爆摩天楼》中，森谷曾向新一挑战）、天才程序员原。期间灰原的举动异常。
　　大木提前入住B塔被害，目暮警官着手调查发现他与美绪似有不同寻常关系，不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片，两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效力的、以酒名为绰号的黑暗组织，并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时他找到灰原举动异常的原因，却发现她正被人追踪。而园子玩笑弄的发式令她像极了雪莉（灰原）。
　　开幕酒会上，美绪向宾客展示如月最为宝贵的富士山画作时被杀，死相正如横亘在富士山正中的双塔的缩影图，她的身下也有一个小酒杯，不过却是完好的。地上一颗原本该呆在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接，A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时刻，柯南注意到正有一支枪瞄准园子，心中给出了所有疑问的答案，但他及小兰等人最迫切需要解决的却是如何从火海逃脱。

　　知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。
　　令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人方向不同的紧张过后，宝石并没被盗，柯南醒悟字母预告信与航班相关。而柯南、小兰、牧树里及其同事搭乘的前往北海道的飞机上，尚有一起杀人计划正被精心设计。

　　少年牧真人（山时聪真配音）的母亲葬身火海后，他随父亲牧胜一（木村拓哉配音）与继母夏子（木村佳乃配音）组成新家庭。深陷悲伤的真人阴郁孤僻，难以融入新环境。一次意外，他跟随一只会说话的苍鹭（菅田将晖配音）闯入废弃的神秘塔楼，却不料进入了奇幻的“亡灵世界”，开始了一场不可思议的冒险……
　　影片片名致敬了小说家吉野源三郎在1937年发表的同名小说，但电影故事由宫崎骏原创。

　　在人与妖怪之间过着忙碌日子的夏目，偶然与以前的同学结城重逢，由此回忆起了被妖怪缠身的苦涩记忆。此时，夏目认识了在归还名字的妖怪记忆中出现的女性·津村容莉枝。和玲子相识的她，现在和独子椋雄一同过着平稳的生活。夏目通过与他们的交流，心境也变得平和。但这对母子居住的城镇，却似乎潜伏着神秘的妖怪。在调查此事归来后，寄生于猫咪老师身体的“妖之种”，在藤原家的庭院中，一夜之间就长成树结出果实。而吃掉了与自己形状相似果实的猫咪老师，竟然分裂成了3个——！？

　　在人与妖怪之间过着忙碌日子的夏目，偶然与以前的同学结城重逢，由此回忆起了被妖怪缠身的苦涩记忆。此时，夏目认识了在归还名字的妖怪记忆中出现的女性·津村容莉枝。和玲子相识的她，现在和独子椋雄一同过着平稳的生活。夏目通过与他们的交流，心境也变得平和。但这对母子居住的城镇，却似乎潜伏着神秘的妖怪。在调查此事归来后，寄生于猫咪老师身体的“妖之种”，在藤原家的庭院中，一夜之间就长成树结出果实。而吃掉了与自己形状相似果实的猫咪老师，竟然分裂成了3个——！？

　　高中生夏目本来可以拥有平凡的高中生活，但是，他却能看到妖怪，并因此而苦恼。很多次，他都差点被妖怪夺去性命。一次偶然的机会，夏目巧遇猫神。猫神告诉他，夏目的外婆玲子有一本“友人帐”上面记录了所有被玲子打败的妖怪的名字，玲子死后，妖怪为夺回名字，才纠缠夏目。只有把妖怪的名字还给他们，夏目才能恢复宁静的生活。为了回到宁静的生活，夏目与猫神拿着“友人帐”开始了寻妖之旅，一段段关于妖怪的感人故事，就这样被引出。

　　夏目的祖母玲子可以看见妖怪，并有很强的力量。但是被周围人疏远的她很早就离开了人世，只留下一本友人帐。友人帐里记录了曾经被玲子打败的妖怪的名字，且这些妖怪必须守护友人帐的主人。玲子去世后，这本友人帐留给了夏目。强大的友人帐吸引了各种妖怪的造访，给夏目带来不少麻烦，但是也引领夏目不断成长着。
　　夏目追寻妖怪的记忆不断了解自己的祖母玲子，由于异于常人的禀赋，玲子在人群中总是形单影只异常的孤单。深深理解玲子的夏目一心想要找到能够理解自己内心的人，也在这个过程中看到自己和祖母的不同之处。虽然生命似乎总是弥漫着孤寂的味道，但是如果找到想要守护的人，那是很幸福的吧。
　　在这样一个由冬入春的时节，夏目和他的猫咪老师带给我们一阵阵暖流。

　　现正在白泉社旗下的少女漫画杂志《LaLa》上刊载的《夏目友人帐》，于白泉社的《夏目友人帐》官网上突然更新了一个天大喜讯——在2月24号发售的《LaLa4月号》，《夏目友人帐》将会迎来一个重大发表!是TV动画第三期吗?
　　这对于夏目的fans来说也是值得高兴的消息。《夏目友人帐》的故事主要是说男主角夏目贵志，继承了祖母夏目玲子拥有看到妖怪的力量，而且因为祖母年轻时曾夺取了不少妖怪的名字，并把名字都记在了《友人帐》上，使不少妖怪会来找夏目希望拿回自己的名字。每一集都会描述妖怪和妖怪，或妖怪和人类的故事，把各种交错的心灵，迭交的思念，还有人与妖怪的种种隔阂都描写出来，是一部既治愈温暖又带点哀伤的佳作。《夏目友人帐》曾两度TV动画化，所以对于今次的重大发表，当然是期待第三季的来临了！