《庚子风云》讲述的是公元1900年及中国历庚子年，八国联军攻占北京，并占领紫禁城，皇太后慈禧为避祸携光绪帝、大阿哥等人仓惶逃离皇宫，来到西安，最后又安全回宫的故事。
　　慈禧太后临行前，由于政治立场不同的仇恨，将光绪皇帝深爱的妃子珍妃推入井中杀害。而当太后历尽千难万险来到古都西安时，却发现当地戏班的花魁白牡丹竟和珍妃长得一模一样！而这位本名斯琴的白牡丹却与在慈禧太后等人逃难至西安这条西行路上，给予了他们莫大帮助的一位从欧洲留洋五年回国的爱国青年陈然有着夙世姻缘，同时她也和陕西巡抚韩雨轩同样有着千丝万缕的关系。

　　这日，乾隆帝（陈浩民 饰）率文武百官祭祀太庙，突遭“日月社”杀手行刺，好在锦衣卫护驾及时，乾隆躲过一劫。数日后，怀孕的皇后（余诗曼 饰）被人下毒猝死，令乾隆震怒，他疑后宫与朝中幕僚有勾结，决定带侍卫鄂容安（毛羽锋 饰）、纪晓岚（许守钦 饰）及莲儿（刘薇 饰）南巡私访。刚走到保定府，乾隆遇见容貌与皇后相似的“日月社”侠女紫霞（余诗曼 饰），两人竟一见倾心。从保定到济南，乾隆一路惩治贪官，不料因主观臆断，逼死了真心为国计民生着想的济南知府，他深感自责，抛下一干随从，只身前往江南，这时，“日月社”早已布置好天罗地网。此时的乾隆察觉了那亲王与乱党勾结的蛛丝马迹，但他想不到的是令他心仪的紫霞正是那个想要他命的人……

　　展颢——大宋朝一员功勋彪炳的边关将军，爱国爱民，从未想到有一天，自己战场杀敌的刀，必须拿来杀戮自己的百姓，只为了花尽国库银的昏君意欲抢夺一座铁矿山，好就近开采冶炼以应军需之急。
　　三道密旨的催逼下，展颢不得不奉命屠了不肯让出铁矿山的赵家村，展颢即将临盆的妻子赶去阻止却被误杀，临死前产下一子，为县令方子庵所救，取名方旭，视若己出的抚养成人。而展颢却因方子庵拿着万民陈情书上京告御状，屠村惨案在朝野中闹得沸沸扬扬，不得不做了皇帝的替罪羊，以叛国罪入狱，展氏一族满门抄斩。侥幸逃出生天的展颢闯入太子宫中，带走即将弥耳的长皇孙，取名余火莲，从此立誓必以皇室血脉之手，推翻大宋朝廷。
　　二十年后，太子仁宗即位，余火链一举夺下开状元功名，入朝为官，并与如今已贵为御史中丞的方子庵之女方离相识相恋。而方旭亦在子庵教养下，长成为坦荡磊落，嫉恶如仇之人，在帮助父亲查案过程中，与京师第一青楼“御香斋”的红姑娘李柏化敌为友，进而相亲相爱。
　　火莲与方旭武艺相当，性情相投，又因方离之故成为惺惺相惜的好友。与此同时，朝官被害的案件不断发生，在新任开封府尹包拯调查下，箭头终于指向一个神秘的民间叛乱组织“无间道”及贼道“地藏王”。方旭奉皇命假作弑父，亡命天涯被“无间道”收容。逐步打入组织核心，但也因此而受尽委屈，与李柏的恋情更是一波三折，饱受考验。
　　火莲一心抱着颠覆宋朝的使命而来，却发现仁宗、子庵、包拯等人并不是想象中的那么残暴，但父命难违，火莲时时扎于矛盾痛苦之中，幸赖方离的坚强与支持，方能度过重重心理难关。
　　方旭日渐为地藏王赏识重用，狂放的火莲亦受到仁宗的欣赏及包容，两对父子在互不知血缘之亲的情况下，走过一路相互较劲的恩怨风雨。
　　最终在包拯及方旭查证下，真相大白，地藏王即为当年的大将军展颢，亦是方旭之亲生父亲。方旭虽得认祖归宗，更名展昭，但展颢却为了让追随自己的千万手下能死心散去，解甲归田，无怨无悔的选择了自尽身亡。
　　火莲虽贵为太子，但仁宗为了朝廷国家，不能暴露当年先皇罪行，亦不能让火莲回到宫中，展氏一族横亘二十年的冤屈虽得昭雪，但许多遗憾却已无法弥补……